1999年（平成11年）に環境省が野生のメダカを絶滅危惧種Ⅱ類に指定しました。
高度経済成長が進み、大気汚染や護岸工事、家庭排水などの水質が悪化し、メダカが減ってきました。
池や田んぼに生息していたメダカも、水田の生産効率アップのために区画整理されコンクリートの用水路などには住みにくくなりました。
また、メダカブームが起き、野生のメダカの乱獲も原因と考えられています。他にも、メダカを食べてしまうブラックバスや、メダカの卵を食べつくすブルーギルなどの外来生物も大きな原因です。
現在は多くの種類のメダカが販売されているものの、野生のメダカは絶滅危惧種とされているのです。
