鮭は一般的に正しい読み方としては「サケ」と読み、別名として「シャケ」という呼び名が広まってます。「シャケ」という呼び方が生まれた理由はいくつか説があります。
1つ目はアイヌ語で鮭のことを「サクイベ」「シャケンベ」と呼んでいる説です。ただし、実際は「サクイベ」「シャケンベ」は鱒の事を指しているようです。
2つ目は江戸時代の方言として「サケ」をうまく発音出来ず「シャケ」になったという説です。
3つ目は生きている鮭を「サケ」といい、食品として加工したものを「シャケ」という説です。
地域によっても使用差もあり、どれが語源かは不明のようです。